Programování je podobné psaní symfonií. Když programátor píše software spřádá tisíce myšlenek (algoritmů či výpočetních pravidel) do výsledného díla, chráněného autorským právem. Některé myšlenky programátora budou obvykle nové a nikoliv samozřejmé vzhledem ke (ve své podstatě nízkým) standardům patentových systémů. V okamžiku, kdy bude mnoho podobných myšlenek patentováno, začne být nemožné psát software bez porušení patentů. Autorům softwaru jsou tímto efektivně odpírány jejich autorsky chráněná aktiva - žijí pod neustálým ohrožením stát se cílem vydírání vlastníky velkých patentových portfolií. Výsledkem toho je vytvořeno méně softwaru a objevuje se v něm méně nových myšlenek.
V roce 1986 začal Evropský patentový úřad (EPO) udělovat patenty, které byly přímo vztažené k počítačovým programům, ale obsahovaly pod rouškou procesního patentového návrhu, typické fráze jako například:
Patenty udělené na tomto základě byly považovány za hypotetické, neboť program jako takový, distribuovaný na disketě či přes internet, netvořil proces a nebyl vynálezem. Aby vyřešil tuto nejednoznačnost, podnikl Evropský patentový úřad v roce 1998 poslední krok k patentovatelnosti ryzího softwaru autorizováním patentových návrhů na programy, t.j. návrhů v následující formě:
Mezitím EPO udělil více než 30 000 ryze softwarových patentů v očekávání nové legislativy. A počet udělovaných patentů meziročně rostl o 3 000 ročně.
Většina těchto patentů je velice obecná a triviální, nikoliv nepodobná typu patentů schvalovaných v USA a Japonsku. Ve skutečnosti tyto tři patentové úřady vytvořily v květnu 2000 společný "Trilaterální standard" pro udělování podobných patentů, shrnující pod nově vytvořeným módním výrazem "vynálezy realizované na počítači". Později při pokusu uklidnit rostoucí kritiku v Evropě, patentový establishment začal ve zdůrazňování rozdílů vzhledem k zacházení s "obchodními postupy implementovanými na počítači". Tyto rozdíly jsou nicméně nedůležité.
V srpnu 2000 se Evropská patentová organizace, mezivládní organizace která zajišťuje chod Evropského patentového úřadu, pokusila zrušit všechny výjimky vyjmenované v článku 52 Úmluvy o udělování evropských patentů Vzhledem k veřejnému odporu, který organizací nebyl očekáván), tato snaha selhala.
Plenární shromáždění Evropského parlamentu hlasovalo pro zakomponování řady dodatků do směrnice, které vlastně dosáhly toho, co si Komise předsevzala za cíl: vytvořilo jasná a jednotná pravidla, potvrzující nepatentovatelnost programové a obchodní logiky a potvrdilo svobodu publikovaní a interoperability. Tato řada pozměňovacích návrhů byla založena na jednoroční práci parlamentních komisí pro kulturu a průmysl. Nicméně směrnice byla nasměrována do náruče Komise pro právní záležitosti (JURI), která je obsazena členy parlamentu s blízkým vztahem k patentovému establishmentu. JURI ignorovala návrhy ostatních komisí a navrhla řadu předstíraných omezení patentovatelnosti, v pokusu ošálit plenární zasedání. Mocná vlna veřejného mínění zahrnující stovky tisíc softwarových profesionálů a vědců, povětšinou koordinovaných FFII, pomohla posílit parlamentní rozhodnutí hlasovat pro skutečná omezení patentovatelnosti.
Po několika měsících tajných dohod, vytvořila "pracovní skupina" kompromisní dokument který odstranil všechny parlamentní omezující pozměňovací návrhy, obnovil návrh Komise, dodatečně povolil programové patentové nároky, článek 5 odstavec 2, a zamítl jakékoliv privilegium interoperability v rámci patentového zákona (článek 17 preambule) a vložil některé předstírané limity z JURI (článek 4a atd.). Výsledkem čehož je ten nejkrajnější, nekompromisní a klamný návrh, jaký byl doposud viděn. Přístup k tomuto dokumentu byl odpírán až do poslední minuty "vzhledem k citlivé povaze dohod a absenci převažujícího veřejného zájmu."
18. května 2004 schválila Rada ministrů slabou většinou text pracovní skupiny, navzdory zjevnému záměru řady zemí následovat pozici Německa slibujícího hlasovat proti. Během tohoto zasedání, Německo prohlásilo, že je spokojené s bezvýznamným pozměňovacím návrhem, Nizozemí podpořilo dokument, ačkoliv prohlásilo, že může být problematický a komisař Frits Bolkestein vložil doložku článku 4, která, jak prohlásil, jasně zabraňuje patentovatelnosti softwaru, zatímco ve skutečnosti jeho formulace pouze opakuje klamnou terminologii, zatímco zapomněl zmínit, že odstavec 2 článku 5 připuštěním programových patentových nároků jednoznačně uvádí opak. Na tiskové konferenci následující hlasování Rady Bolkestein nedokázal nabídnout příklad softwaru, který by v důsledku návrhu nebyl patentovatelný. Hlasování Rady bylo také pozoruhodné vzhledem ke způsobu, jakým Irský předsedající tlačil Dánsko k jejich souhlasu, čímž zajistil těsnou většinu.
Po rutinní textové úpravě a překladu předložila v srpnu 2004 Rada formálně návrh . Po té se návrh vrátí do Evropského parlamentu k dalšímu čtení. V této fázi může parlament návrh buď přímo zamítnout, akceptovat jej tak jak je, nebo trvat na řadě pozměňovacích návrhů podobných těm, pro které již dříve hlasoval. Bez pochyb lze očekávat, že se patentový establishment pokusí lobovat v JURI pro předložení další řady předstíraných omezení a předstírat, že jsou založena na smysluplných dohodách a "kompromisech" v Radě.
In november 2004 the Council's rules for qualified majorities changed, and Poland reaffirmed its opposition to the Council's text, with the effect that the text no longer enjoyed the support of a qualified majority of member states. However, the Dutch Council presidency insisted that it should be adopted nonetheless, without a recount of votes, arguing that in the Council's history political agreements were always adopted, and failure to do so this time would create an undesirable precedent.
On December 21st December 2004 the Dutch presidency scheduled the outdated political agreement for adoption without vote by the Agriculture and Fisheries Council. This was prevented by a surprise appearance of the Polish minister of science and informatisation. A similar attempt in early February 2005 under the Luxemburg Presidency was also delayed at Poland's request. However, Poland's government failed to officially ask for a recounting of the votes (reclassification as b-item) . Instead they wrote a strong unilateral statement against the Council's text and supported a request by the European Parliament for a restart of the procedure. Normally the European Commission is expected to comply with such requests by presenting a new directive proposal to the Parliament. This time however, the Commission refused without giving an explanation.
A few days later, at the Council meeting of March 7th, the Luxemburg Presidency declared the Political Agreement to have been adopted, in spite of requests for renegotiations which the Presidency said it had received from Denmark, Poland and Portugal. Normally, according to the Council's own rules of procedure, such requests lead to renegotiation (reclassification of an a-item as b-item) . It is still unclear how the Council managed to adopt the agreement. The most likely explanation is that the Danish minister Bendt Bentsen did not really request renegotiation but was only playing theater according to script worked out the night before together with the Luxemburg Presidency. The theater performance was needed, because the minister had binding instructions from his Parliament to ask for renegotiation. The Dutch minister, Laurens Jan Brinkhorst, was also obliged by his Parliament to support renegotiation. When Brinkhorst spoke at the Council's "public session", the microphones were switched off. Thus we do not know what he said.
In early April the European Parliament decided to conduct a second reading on the basis of the Council's "Uncommon Position", as it was now colloquially called. In a second reading, the Parliament can vote for amendments similar to the ones for which it had previously voted, but the majority requirements are higher than in the 1st reading. Any absent MEP will be counted as voting for the Council. There will without doubt be attempts by the patent establishment's allies in the Parliament to propose another set of fake limits and to pretend that this is based on meaningful negotiation and difficult "compromises" with the Council. JURI will vote in June, the plenary in July. If the Parliament succedes in maintaining the spirit of September 2003, it can look forward to negotiating with a disunited Council from a position of moral strength. However, the grip of the patent establishment on the national ministries and the Commission is still quite tight. Unless it can be loosened within a few months, nothing better than a heroic failure of the directive project will be achievable for the time being.