La programmation est comparable à l'écriture de symphonies. Quand un programmeur écrit un logiciel, il combine des milliers d'idées (des algorithmes ou des règles de calcul) qui constituent une oeuvre sous droits d'auteur. Généralement, certaines des idées dans l'oeuvre du programmeur seront nouvelles et non-évidentes selon les normes (intrinsèquement de bas niveau) du système de brevets. Lorsqu'un bon nombre de ces nouvelles idées est breveté, il devient impossible d'écrire un logiciel sans enfreindre des brevets. Les auteurs de logiciel sont de ce fait privés des avantages conférés par leurs droits d'auteur ; ils vivent sous la menace permanente d'un chantage de la part des détenteurs de larges portefeuilles de brevets. En conséquence, moins de logiciels sont écrits et peu de nouvelles idées apparaissent.
En 1986, l'Office européen des brevets (OEB) a commencé à accorder des brevets portant sur des programmes d'ordinateur, mais présentés comme des revendications de procédés, typiquement formulés de la manière suivante :
Les brevets accordés ainsi étaient considérés comme hypothétiques, car les programmes en tant que tels, lorsqu'ils sont distribués sur un support magnétique ou via Internet, ne forment pas de procédé et ne sont donc pas considérés comme des inventions. Pour résoudre cette ambiguïté, l'Office européen des brevets a fait le dernier pas vers la brevetabilité du logiciel pur en 1998 en accordant des revendications de programmes, i.e. des revendications formulées comme ceci :
Pendant ce temps, l'OEB a accordé plus de 30 000 brevets logiciels purs, en anticipation d'une nouvelle législation ; et ce nombre s'est récemment accru à un taux de 3 000 par an.
La plupart de ces brevets sont étendus, triviaux et peu différents du genre de brevets autorisés par les Offices des USA ou du Japon. En fait, ces trois offices de brevets ont fondé en mai 2000 un "Standard trilatéral" commun pour accorder de tels brevets, désignés par le nouveau terme "inventions mises en oeuvres par ordinateurs". Ensuite, afin d'adoucir les critiques s'intensifiant en Europe, le lobby des brevets a commencé à mettre l'accent sur les différences dans le traitement des "méthodes mises en oeuvre par ordinateur". Cependant, même ces différences sont insignifiantes.
En août 2000, l'Organisation européenne des brevets, i.e. l'organisation intergouvernementale qui dirige l'Office européen des brevets, a essayé de supprimer toutes les exceptions énumérées à l'article 52 de la Convention sur le brevet européen. Mais cette tentative a échoué, suite à une résistance publique qui n'était apparemment pas prévue.
Le 24 septembre 2003, le Parlement européen tout entier (en séance plénière) a voté pour incorporer un ensemble d'amendements à la directive permettant d'accomplir les objectifs que l'on avait proclamé vouloir atteindre : clarifier et réaffirmer la non brevetabilité des programmes d'ordinateur et des méthodes affaires et confirmer la liberté de publication et d'interopérabilité. Cet ensemble d'amendements s'appuyait sur toute une année de travail aux commissions parlementaires à la Culture et à l'Industrie. Cependant, la directive relevait de la compétence de la commission à la Justice (JURI), contrôlée par des eurodéputés ayant d'étroites affinités avec l'establishment des brevets. La commission JURI a ignoré les propositions des autres commissions et a proposé un ensemble de fausses limites à la brevetabilité, dans une tentative visant à tromper l'assemblée plénière. Un raz-de-marée de l'opinion publique, im pliquant des centaines de milliers de professionnels et de scientifiques du secteur informatique, en grande partie coordonné par la FFII, a contribué à renforcer la résolution du Parlement à voter pour de réelles limites à la brevetabilité.
Après plusieurs mois de négociations secrètes, le "Groupe de travail" a produit un document de compromis qui éliminait les amendements du Parlement qui instauraient des limites à la brevetabilité, réintroduisait la proposition initiale de la Commission mais en y ajoutant l'acceptation de revendications de programmes (article 5(2)), interdisait toute exception d'interopérabilité dans le droits des brevets (considérant 17) et réinsérait les fausses limites de la commission JURI (article 4bis). Ce qui a donné la proposition la plus extrémiste jusqu'alors, laissant le moins de chances de compromis. L'accès à ce document a été refusé jusqu'à la toute dernière minute "en raison de la nature sensible des négociations et de l'absence d'intérêt public supérieur."
Le 18 mai 2004, le Conseil a approuvé le texte du Groupe de travail par une courte majorité, en dépit des déclarations d'intentions d'un certain nombre de pays, prêts à suivre l'Allemagne en promettant de voter contre le texte. Dans cette session, l'Allemagne a prétendu se satisfaire d'un amendement dénué de sens ; les Pays-Bas ont soutenu le document tout en admettant qu'il pourrait être problématique ; et le Commissaire Frits Bolkestein a inséré un amendement à l'article 4 qui, a-t-il déclaré, rendait clairement le logiciel non brevetable. Mais la formulation de cet amendement ne faisait en fait que réaffirmer une terminologie trompeuse, alors que Bolkestein a oublié de mentionner que l'article 5 (2), en autorisant les revendications de programmes, affirmait exactement l'inverse et sans ambiguïté possible. À la conférence de presse qui a suivi le vote du Conseil, Bolkestein n'a pas réussi à donner un seul exemple de logiciel qui n e serait pas brevetable si l'on se conformait la proposition. Le vote du Conseil était également frappant par la manière avec laquelle la présidence irlandaise a ardemment poussé le Danemark à donner ses voix, grâce auxquelles la courte majorité a été atteinte.
Comme tout autre accord intergouvernemental, les décisions de Conseil doivent être ratifiées lors d'une seconde étape. Dans le vocabulaire du Conseil, "l'accord politique" du 18 mai 2004 devait être "adopté" pour devenir une "position commune" du Conseil. La date pour que ceci soit accompli est vite devenue incertaine. Peu après la session du Conseil, le gouvernement polonais a expliqué que la Pologne ne soutenait pas la proposition. Le parlement néerlandais a voté une motion discréditant son gouvernement, qui affirmait que ce dernier avait désinformé le parlement et demandait au gouvernement de retirer son soutien au texte du Conseil. De même, en Allemagne, tous les partis du parlement on voté une motion critiquant le texte du Conseil et demandant des modifications "dans l'esprit de la première lecture du Parlement européen".
En novembre 2004, le règlement du Conseil a changé avec l'entrée en vigueur du Traité de Nice et les pondérations pour la majorité qualifiées ont évolué. La Pologne a réaffirmé son opposition au texte du Conseil, ce qui entraînait que le texte ne bénéficiait plus de majorité qualifiée des États membres. Pourtant, la présidence néerlandaise du Conseil a insisté pour qu'il soit adopté malgré tout, sans recompte des voix, arguant qu'historiquement, les accords politiques étaient toujours adoptés et que si ce n'était pas le cas cette fois-ci, cela créerait un précédent indésirable.
Le 21 décembre 2004, la présidence néerlandaise a mis à l'ordre du jour l'accord politique périmé afin qu'il soit adopté sans vote lors d'un Conseil sur l'Agriculture et la Pêche. L'apparition surprise du ministre polonais de la science et de l'informatisation a empêché cette adoption. Une tentative similaire au début du mois de février 2005 par la présidence luxembourgeoise a également été retardée à la demande de la Pologne. Cependant, le gouvernement polonais n'a pas réussi a demandé officiellement un recompte des votes (reclassement en "point B". Au lieu de ça, les Polonais ont voté une déclaration unilatérale ferme contre le texte du Conseil et supporté une demande du Parlement européen de redémarrer la procédure. Normalement, la Commission européenne est supposée se conformer à de telles requêtes en présentant au Parlement une nouvelle proposition de directive. Cependant, la Commission a cette fois-ci refusé sans donner d'explication.
Quelques jours plus tard, à la réunion du Conseil du 7 mars 2005, la présidence luxembourgeoise a déclaré que l'accord politique était adopté, en dépit de demandes de renégociations que la Présidence a avoué avoir reçues du Danemark, de la Pologne et du Portugal. Normalement, selon le propre règlement intérieur du Conseil, de telles requêtes conduisent à des discussions (reclassement d'un "point A" en "point B". La manière dont le Conseil s'est arrangé pour adopter l'accord reste encore à éclaircir. L'explication la plus probable est que le ministre danois, Bendt Bentsen, n'a pas vraiment demander de renégociation mais a jouer un rôle selon le script élaboré la veille avec la Présidence luxembourgeoise. Cette comédie était nécessaire car le ministre danois était contraint par des instructions de son parlement de demander une renégociation. Le ministre néerlandais, Laurens Jan Brinkhorst, était également forcé par son parlement de soutenir toute demande de renégociation. Lorsque Brinkhorst est intervenu lors de la "session publique" du Conseil, on a éteint les micros. Nous ne savons donc pas ce qu'il a dit.
Début avril 2005, le Parlement européen a décidé de mener une seconde lecture sur la base de la "position peu commune" du Conseil, puisque c'est ainsi que désormais on la désigne familièrement. Lors d'une seconde lecture, le Parlement peut voter pour des amendements similaires çàceux qu'il avait précédemment passés, mais les exigences de majorité sont plus élevées qu'en 1re lecture. Tout eurodéputé absent sera compté comme acceptant le texte du Conseil. Il y aura sans aucun doute des tentatives de la part des relais de l'establishment des brevets au Parlement pour proposer un autre ensemble de fausses limites et prétendre que ceci se base sur des négociations significatives et un difficile "compromis" avec le Conseil. La commission parlementaire des affaires juridiques (JURI) votera en juin, la session plénière aura lieu en juillet. Si le parlement réussit à conserver l'esprit de septembre 2003, il pourra envisager de négocier avec un Conseil désuni en bénéficiant d'une certaine force morale. Toutefois, la mainmise de l'establishment des brevets sur les ministres nationaux et la Commission est toujours assez ferme. À moins de l'affaiblir dans les prochains mois, une mise en échec héroïque du projet de directive pourrait bien être ce que l'on peut réaliser de mieux pour l'instant.