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Des systèmes d'exploitation libre ne peuvent pas opérer librement sur beaucoup de matériels, par ce que les producteur ont retenu le control sur l'usage de ces matériels en brevetant leur fonctionalité de base par de brevets logiciels. Les puces de mémoire flash sont un exemple. Dans tout le domaine de programmation de mémoire il est impossible de programmer sans risque de contrefacon. Ca déterre beaucoup de programmeurs.
